Trường THPT Yên Phong số 3 được thành lập ngày 20 tháng 11 năm 2004. Theo Quyết định số 186/QĐ-UBND của Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh. Năm học 2005-2006 là năm đầu tiên trường thực hiện nhiệm vụ dạy và học thế hệ học sinh khóa I có 9 lớp 10 với tổng số 450 học sinh, 21 cán bộ giáo viên. Cơ sở vật chất không có gì, phải học nhờ trường THCS Yên Trung với năm phòng học tạm, chia làm hai ca, không có phòng làm việc của ban giám hiệu và các phòng ban chức năng. Đội ngũ cán bộ, giáo viên mang theo nhiệt huyết tuổi trẻ, tâm huyết nghề nghiệp khát khao được cống hiến và khẳng định mình. Thầy trò nhà trường từng bước vượt qua những khó khăn của thủa ban đầu lập nghiệp. Cả trường khi đó chỉ có hai đảng viên, không có chi bộ Đảng, phải tham gia sinh hoạt ghép với chi bộ Đảng trường THPT Yên Phong số 1.
Năm học 2007 – 2008 trường chuyển về địa điểm hiện tại. Tháng 12 năm 2008 trường đổi tên thành THPT Yên Phong số 2 với quy mô trường hiện tại:
- Tổng diện tích là 2,4ha.
+ 1 nhà hiệu bộ 3 tầng khang trang.
+ 1 nhà lớp học 4 tầng với 32 phòng học kiên cố hiện đại.
+ 1 Thư viện do Công Ty SAM SUNG tặng từ năm học 2010- 2011
+ 1 Khu nhà công vụ, nhà ăn hiện đại thoáng mát.
- Tổng số cán bộ giáo viên: 92 đồng chí, 27 đồng chí là đảng viên, 100% trình độ đạt chuẩn. Có 12 thạc sỹ đang đứng lớp, 06 đồng chí đang theo học cao học.
- Tổng số học sinh có 1405 học sinh với 36 lớp.
Thành tích đạt được trong năm học 2012 – 2013:
* Nhà trường:
- Danh hiệu: Trường tiên tiến xuất sắc cấp tỉnh
- Tỉ lệ học sinh đỗ đại học: 37%.
- Tỉ lệ đã đỗ tốt nghiệp: 100%
- Giáo viên giỏi cấp tỉnh: 10 đồng chí.
- Giáo viên giỏi cấp trường:32 đồng chí.
- Giải học sinh giỏi tỉnh: 14 giải văn hóa, 9 giải thể thao.
* Các đoàn thể:
- Chi bộ đạt trong sạch vững mạnh.
- Công đoàn trường đạt tổ chức Công đoàn cơ sở vững mạnh.
- Đoàn trường đạt cơ sở vững mạnh, xuất sắc được Tỉnh Đoàn tặng bằng khen.
Năm học 2013 - 2014, trường THPT Yên Phong số 2 bước sang tuổi thứ 9. Với quan điểm “Lấy giáo dục đạo đức làm điểm tựa vững chắc cho giáo dục văn hóa”, thầy và trò nhà trường luôn cố gắng phấn đấu đạt được nhiều thành tích và hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ năm học , phấn đấu đạt trường chuẩn Quốc gia trong năm học 2014 – 2015.
